Filosofo. Cresciuto in una famiglia di umili condizioni sociali si formò da autodidatta agli studi filosofico-letterari e riuscì a pubblicare nel 1864 il Verbo novello: sistema di filosofia universale.

Il volume, d’ispirazione hegeliana, aveva l’ambizione di fornire all’Italia una nuova filosofia di carattere laico e antimetafisico. Giovanni Bovio si volse, poi, alla filosofia del diritto, pubblicando nel 1872 il Saggio critico del diritto penale.

In questa disciplina ottenne la libera docenza in Filosofia del diritto nel dicembre 1875 presso l’Università di Napoli. Eletto deputato nel 1876, divenne filosofo acclamato della democrazia repubblicana e, dopo il trasformismo, nel 1897, dettò il programma del superstite gruppo repubblicano.