Generale. Al servizio Repubblica napoletana del 1799, emigrò dopo la sua caduta. Combatté in Spagna per Giuseppe Bonaparte e Murat (1808-11); ritornato a Napoli, nel 1820 fu incaricato della repressione della rivoluzione di Sicilia. Giunto nell'isola, Pepe si accordò con gli insorti lasciando loro la decisione dell'unione o della separazione da Napoli. Il Parlamento napoletano dichiarò nulla la Convenzione e richiamò Pepe che fu sostituito con il generale Pietro Colletta. Dopo i moti del 1820 fu nominato capo di stato maggiore nella guerra contro gli austriaci; in seguito al disastro di Rieti, si ritirò a vita privata.